Přínosy ERP systémů pro efektivnější fungování a chod organizace jsou nesporné. Podnik získá neustálý přístup k přesným a aktuálním provozním informacím v konzistentní podobě, dochází k automatizaci mnoha podnikových procesů dříve vykonávaných lidmi a k následné úspoře a k snadnému propojení a komunikaci podniku s úřady, státními institucemi, odběrateli i dodavateli. Celkově dochází k zprůhlednění a zefektivnění procesů, k vyčištění, systematizaci a centralizaci firemních dat a ke snížení chybovosti, k definování konkrétních zodpovědností a k automatizovanému chodu celé organizace. ERP systémy také významně zlepšují komunikaci s obchodními partnery a zákazníky a výrazně optimalizují pracovní tok podnikových dokumentů. Zvyšují bezpečnost přenosu informací a umožňují snadné vedení účetnictví podle mezinárodních standardů. V konečném důsledku vhodně navržené ERP systémy výrazně zvyšují efektivnost a flexibilitu podniku či organizace a tím i její konkurenceschopnost.
ERP systém však rozhodně není samospasitelným řešením ani garantem konkurenční výhody. Na zavedení funkčního ERP systému neustále přinášejícího přidanou hodnotu je třeba hledět jako na složitý dlouhodobý proces, který začíná pečlivou analýzou podniku a podnikových procesů a informací. Podnikový informační systém je komplexní, složité a drahé řešení především z hlediska technologického a koncepčního a vždy nese nezanedbatelné znaky doby svého vzniku. Při volbě dodavatele a konkrétního řešení je třeba dbát na volbu vhodné technologické platformy s ohledem na náklady spojené s budoucí správou a údržbou systému,
rozšiřováním systému, školením zaměstnanců apod. Volbou konkrétního řešení se podnik stává na dlouhou dobu implementačně velmi závislým na dodavateli a není snadné ani levné z takového vztahu následně vycouvat.