Navržený a nasazený ERP systém v praxi nikdy není definitivním produktem, který je možno zakonzervovat a používat léta nezměněný. Neustálé změny legislativy a jiné tržní požadavky na nové funkcionality nutí uživatele k neustálé inovaci svého informačního systému. Jen pravidelně aktualizovaný ERP systém může svým uživatelům přinášet dlouhodobou efektivitu, konkurenční výhodu a zisk.
Upgrade a update představují různou formu inovace zavedeného ERP systému. Upgrade znamená reinstalaci informačního systému na novou verzi s novými vlastnostmi a funkcemi. Tato inovace s sebou zpravidla nese také zvýšené náklady podle typu produktu a rozsahu implementace. Update představuje pouze nepatrnou inovaci ERP systému jako je oprava chyb nebo mírná změna některých funkcí systému vzhledem ke změně legislativy. Aktualizace systému ve formě updatu je většinou prováděna v pravidelných intervalech nebo vyjímečně při zásadní chybě v systému či změně legislativy. Aktualizace systému, ať už update či upgrade, se zpravidla provádějí prostřednictvím internetu, ale mohou být dodána a nainstalována i z CD.
Aby se předešlo možným kolizím, je nezbytné každou aktualizaci systému provádět v době, kdy uživatelé nepracují s ERP systémem. Inovace systému jsou nějakou dobu po implementaci ERP systému zpravidla poskytovány bezplatně jako součást servisní podpory dodavatele.